Существуют определенные преимущества в производительности при использовании ровно одного двигателя.
Сервер, настроенный на один движок, не будет настроен на другой - оба требуют, чтобы вы выделяли значительный объем ОЗУ для его эксклюзивного использования - поэтому вы не можете дать им обоим оптимальный объем.
Скажем, у вас есть 8 ГБ оперативной памяти на вашем (очевидно, 64-битном, но все еще относительно небольшом) сервере баз данных, вы можете назначить около 3/4 его для своего кэша страниц innodb. В качестве альтернативы, если вы используете MyISAM, вы можете захотеть, чтобы около половины его было вашим key_buffer. Вы не можете сделать оба.
Выберите двигатель и используйте его исключительно. Существуют способы обойти проблемы с производительностью, но большинство из них нелегкие (т. Е. Они требуют изменения структуры данных или приложения).