Из MySQL Docs :
Если вы используете клиент mysql с включенным автоматическим переподключением (что не рекомендуется), предпочтительно использовать команду charsetвместо того, чтобы задавать имена.Например:
mysql> charset utf8
Charset changed
Команда charset выдает инструкцию SET NAMES, а также изменяет набор символов по умолчанию, который mysql использует при переподключении после разрыва соединения .Поэтому введите следующее:
mysqli_query('charset utf8');
Или любую используемую вами кодировку (если не UTF8).Это должно решить проблему.