Если я правильно вас понял, то, что вы ищете, это web.xml
(что называется дескриптором развертывания). В Google есть много примеров, которые могут показать вам, как это сделать.
Для "запуска приложения" вам нужно написать сервлет, который инициализирует ваше приложение (но мне неясно, что вы подразумеваете под "запустить код при запуске приложения").