Ну, я нашел способ сделать это, но не уверен, что это оптимальный способ.
Что я сделал, я определил имя для каждой темы в их наборе ресурсов, например, "name = design_one". А затем использовать его в JSP для включения некоторых других JSP внутри.
Примерно так:
<spring:theme code="theme.name" var="themeName"/>
<jsp:include page="${themeName}/head.jsp"/>
<jsp:include page="${themeName}/foot.jsp"/>