В любом случае вам нужно будет превратить массив в значение PHP, так что gzip отсутствует.
Итак, если вы собираетесь решить, хранить ли это на диске с помощью чего-то вроде sqlite, или просто позволить php загружать его каждый раз (желательно с включенным APC), реальный вопрос в том, что для вас важнее, память или процессор. Если вы еще не знаете, возможно, вы страдаете от преждевременной оптимизации.
Когда действительно становится уместным для вас, чтобы сократить память или процессор, (или io) ответ будет более очевидным, поэтому убедитесь, что вы можете легко рефакторинг.
Если вы хотите предсказать, что лучше для вас, сделайте тест.
Обновление Я только что видел память, по-видимому, не проблема. Перейдите к массиву PHP и включите файл. Легко. Имейте в виду, однако, что если общий размер данных составляет 10 МБ, это будет 10 МБ на процесс apache. При 100 процессах Apache это уже 1 ГБ.