Текущая реализация DbUnit не предоставляет никакой поддержки для такой функции, я бы посоветовал вам разбить несколько тестовых примеров, по одному для каждого набора данных заполнения. Мой обычный подход состоит в том, чтобы иметь один контрольный пример для каждого бизнес-объекта; Оставаясь на вашем примере, ExmpoyeeTest проверит таблицу Employee, OrderTest проверит OrderTable.
Следующая основная версия DbUnit позволит вам делать то, что вам нужно, с помощью аннотаций.
О вашем комментарии: вы запросили другой набор данных посева, в то время как ваш комментарий касается проверки набора данных ... Я думаю, вы запутались; -)