Лично я предпочитаю ставить их в отдельные сборки. Во время непрерывных интеграционных сборок их легче различить, поскольку инструменты могут быть настроены для выполнения всех тестов в данной сборке, и вы можете, например, захотеть запускать только модульные тесты или только интеграционные тесты, которые могут занять больше времени.