Вы не можете контролировать почтовый клиент пользователя (и это хорошо), поэтому вы не можете управлять тем, как он открывает ссылки.
Вы можете использовать скрипт на «старой» странице (тот, который используется для ввода адреса электронной почты, данных профиля и т. Д.), Чтобы опросить ваш сервер и сделать что-нибудь после подтверждения регистрации. Если пользователь закрывает эту страницу до того, как это произойдет, например, открывает другую ссылку на сайте, это хорошо работает, не перемещая их туда, куда они не ожидают.
У пользователя по-прежнему будет открыта страница регистрации, поэтому просто вставьте в него инструкции, такие как «адрес электронной почты подтвержден, хотите ли вы сейчас 1) сделать это, 2) это или 3) что-то еще» (все ссылки).