Вам необходимо установить модуль webdav отдельно, так как он не является частью стандартного дистрибутива lighttpd. Предполагая, что вы используете ядро Debian:
$apt-get install lighttpd-mod-webdav
Будет установлен модуль, и вы сможете увидеть mod_webdav.so в /usr/lib/lighttpd.
.