В событии Page_Load введите следующий код:
TreeNode node = myTreeView.nodes[1];
nodes.Checked = true;
Это установит флажок во втором узле. Существуют и другие способы найти узел, например myTreeView.FindNode (путь) или путем перечисления через узлы с помощью цикла foreach. Я могу предоставить больше информации, если вы укажете, как вы определяете, какие записи нужно проверять.