Я бы использовал java в качестве языка и открыл бы веб-сервис, содержащий операции, требуемые вашим приложением.
В настоящее время Java под движком приложений Google проще всего использовать сервисы RESTful. Проверьте проект Джерси. Если вы можете реализовать их демонстрацию с помощью Google App Engine, это хорошее начало.
Свяжитесь со мной, если вы застряли, я уже сделал это.
http://wikis.sun.com/display/Jersey/Main
Причиной REST поверх SOAP является то, что в Google App Engine нет белого списка JAX-WS, но теперь есть белый список JAX-RS. Я считаю, что части JAX-WS (могут) зависят от необработанных сокетов, которые недопустимы в Google App Engine.