как можно включить файл (include ();) из корневой папки в файлы из разных подпапок?
Используйте относительный путь из вашего скрипта с ../ или используйте абсолютный путь с помощью $_SERVER['DOCUMENT_ROOT], как предложил полковник Шрапнель.
../
$_SERVER['DOCUMENT_ROOT