Это не должно происходить, и фактически не происходит, когда я пробую ваш код на моей машине (OS X, R2010a).Другими словами, я сильно сомневаюсь, что есть какая-либо проблема с кодом Matlab.
Попробуйте перезапустить Windows, тогда проблема должна исчезнуть для вновь созданных файлов с другими именами.