Перейти на MySQL.Я бы сказал, что единственный раз, когда вы должны подумать об использовании файловой системы, это когда вы храните файлы (BLOBS) размером в несколько мегабайт, базы данных (по крайней мере, те, которые вы обычно используете на php-сайте), как правило, менее производительны при хранении такого рода.данных.В остальном я бы сказал: всегда используйте реляционную базу данных.(Предполагая, что вы имеете дело с данными, у данных есть, конечно, отношения, если это случайные данные, использование реляционной базы данных не принесет особой пользы; -)
Добавление: если вы определяете свои собственныефайловая структура, и даже ваш собственный способ перекрестной ссылки на файлы, вы уже начали создавать «базу данных» сами по себе, что само по себе неплохо - это может быть очень весело!- но вы, вероятно, не получите тех преимуществ в производительности, которые ищете, если ваша ситуация радикально не отличается от других 80% «стандартных» веб-сайтов в Интернете (пара страниц с текстом и изображениями на них).(Если вы создаете google / youtube / flickr / facebook ... у вас другая ситуация, и разработка собственного уникального решения для хранения данных начинает иметь смысл)