Обычно компоновщик (или его эквивалент) гарантирует, что у вас есть только одна копия.
Существуют некоторые тонкости в таких вещах, как серверы приложений Java, где вы можете захотеть «изолировать» классы (обычно приложения) итак что заплатите стоимость наличия дубликатов некоторых распространенных библиотек.
Вообще говоря, просто спроектируйте / кодируйте естественно, и правильная вещь произойдет.