Могут быть проблемы, но лучше сначала попробовать простые вещи.
Поскольку ваш пост помечен C ++, я полагаю, вы ищете решение WinAPI. Попробуйте это:
int width = 640;
int height = 480;
HWND handle = ::FindWindow(NULL, _T("Window title"));
::SetWindowPos(handle, 0, 0, 0, width, height, SWP_NOMOVE | SWP_NOOWNERZORDER | SWP_NOZORDER);