Вы можете перефразировать то, что вы просите здесь.
Конечно, вы можете присоединиться к этому приложению с помощью отладчика Eclipse. Вам нужно будет запустить его в режиме отладки. Вам нужно будет передать некоторые параметры в JVM. Что-то вроде
java -Xdebug -Xnoagent -Djava.compiler=NONE -Xrunjdwp:transport=dt_socket,server=y,address=127.0.0.1 ..
Возможно, вы также захотите указать Eclipse на исходные файлы jar, чтобы вы могли пройти по коду. Но так как вы говорите о конфигурационных файлах, я бы лучше сначала проверил логи.