Это зависит от ситуации. Основными преимуществами использования Microsoft Ajax является то, что он изящно ухудшается с ограничениями доступности, хорошо работает с валидацией MVC и не требует какой-либо реальной написания скрипта.
jQuery дает вам гораздо больший контроль, так что гораздо более удобен в обслуживании. Microsoft сейчас вкладывает много ресурсов в jQuery, и я полагаю, что они не прикладывают столько усилий к Microsoft Ajax. Я всегда склонялся бы использовать jQuery, если бы не было веской причины не делать этого.
Что касается вопроса о формах, разместите на своей странице столько форм, сколько имеет смысл. К сожалению, ASP.NET Webforms заставили людей неохотно использовать несколько форм.