При регистрации сборок в GAC ссылка на сборку не помещается в диалог добавления ссылок. Вам по-прежнему нужно ссылаться на сборку по пути для вашего проекта, главное отличие в том, что вам не нужно использовать опцию копирования локально, ваше приложение найдет ее во время выполнения.
В этом конкретном случае вам просто нужно сослаться на свою сборку по пути (просмотреть) или, если вы действительно хотите, чтобы она была в диалоговом окне добавления ссылок, есть параметр реестра, в котором вы можете добавить дополнительные пути.
Обратите внимание: если вы отправляете ваше приложение кому-то, у кого не установлена эта сборка, вам нужно будет его отправить, и в этом случае вам действительно нужно использовать распространяемый SharedManagementObjects.msi.