Я не думаю, что вы можете (или должны быть) допущены к этому, и на самом деле это не проблема Eclipse AFAIK
Любой отдельный путь к классам - это корень, в котором JVM начинает поиск классов, используя стандартную нотацию пакета
Допустим, ваша программа имеет класс X в пакете по умолчанию и класс b.X в пакете b. Если корнем пакета по умолчанию является / a, то ваш пакет b будет находиться в / a / b
Если у вас был один корень пути к классу, указывающий на / a, и один корень пути к классу, указывающий на / a / b, и теперь вы запросили класс X, тогда вы могли бы интерпретировать ваш запрос как X в пакете по умолчанию (так как есть корень в A), но также как класс X в пакете по умолчанию относительно пути / a / b, но это класс bX
Таким образом, чтобы предотвратить эти вещи, вам не разрешено иметь вложенные корни classpath.