Это может зависеть от среды, которую вы используете.По крайней мере, с Gnome (я не пробовал другие, но он может работать), вы можете направить свой вывод следующим образом:
echo 123 | xclip
echo 123 | xclip -sel clip
Первый идет в буфер обмена мыши, второй - в «нормальный»буфер обмена.