Вы можете предварительно обработать файлы, используя что-то вроде powershell.Здесь есть статья , в которой рассказывается о том, как реализовать замену всего файла.Конечно, если вы знакомы с написанием VB.NET, вы можете реализовать то же самое в скриптовой задаче в пакете.