Вы можете экспортировать плоский файл из mysql, используя select в outfile, и импортировать их с помощью sqlite .import:
mysql> SELECT * INTO OUTFILE '/tmp/export.txt' FROM sometable;
sqlite> .separator "\t"
sqlite> .import /tmp/export.txt sometable
Это обрабатывает экспорт / импорт данных, но, конечно, не копирует схему.
Если вы действительно хотите сделать это с python (возможно, для преобразования данных), я бы использовал MySQLdb.cursors.SSCursor для итерации по данным - в противном случае набор результатов mysql кэшируется в памяти, поэтому ваш запрос завис на выполнение. Так что это будет выглядеть примерно так:
import MySQLdb
import MySQLdb.cursors
connection = MySQLdb.connect(...)
cursor = connection.cursor(MySQLdb.cursors.SSCursor)
cursor.execute('SELECT * FROM tbl')
for row in cursor:
# do something with row and add to sqlite database
Это будет намного медленнее, чем экспорт / импорт.