Мой ответ не относится к Clojure, но я предпочитаю строки вместо http - это достаточно стандартно и достаточно эффективно.
Существуют библиотеки для JSON практически на каждом языке, я бы согласился с этим (вместе с вашим простым стандартным форматом команд), если объем данных не будет огромным.
По моему опыту, чем меньше вам нужно возиться со специализированными форматами, сокетами и протоколами, тем больше вероятность того, что вы сможете провести выходные на пляже :).
Я бы зарезервировал что-то более сложное, чем JSON, через http, пока тестирование не покажет необходимость чего-то еще.