Нет, с вами должно быть все в порядке, 2000 файлов не так много (больше, чем обычно, но все же не экстремально)
Ограничение, вероятно, такое же ограничение, как и структура каталога, которое, вероятно, намного большевыше.
И даже если вы нажмете это число, вы можете использовать подкаталоги для хранения ваших файлов.
NB. Если файлы все маленькие, они будут храниться неэффективно - вы можете захотеть посмотретьобъединить их в один файл или использовать простую базу данных для хранения данных.