Просто добавьте число в строку запроса (вы можете подумать, что это номер версии сортировки).Затем меняйте этот номер каждый раз, когда вы меняете свой SWF.Когда число изменится, браузер увидит его как другой URL, поэтому пропустит кэш и вернется на сервер для получения свежей копии файла swf.
<embed
type="application/x-shockwave-flash"
wmode="transparent" pluginspage="http://www.adobe.com/go/getflashplayer"
allowscriptaccess="sameDomain" name="Prototype" bgcolor="#869ca7"
quality="high" id="Prototype" src="/flex/Prototype.swf?1234" >