Я не знаю о Template-Toolkit. Поэтому я не буду обсуждать, какое решение является наиболее удобным.
Я могу просто дать вам другое решение, которое зависит от сервера, на котором работает ваш cgi.
С сервером Apache вы можете использовать в своем html сообщения:
<!--#include virtual="/includes/header/header.htm"-->
Вы можете вызывать htm (статические страницы), а также динамические страницы:
<!--#include virtual="/perl/includes/dynamic.pl"-->
но вы должны сделать некоторые настройки Apache. см. Учебник Apache: введение в состав серверной части
Надеюсь, это поможет, или, по крайней мере, даст некоторые идеи