Самый простой из известных мне способов начать работу с кодом для GAE для Java - это Gaelyk . Если вы разархивируете шаблон проекта, вы можете немедленно развернуть его в GAE. Вы можете написать простые сервлеты (как Groovlets) в Groovy или добавить Java-сервлеты в web.xml. Код Groovy может прозрачно выполнять вызовы Java (и наоборот, поскольку Groovy создает и использует объекты Java).
Как отмечает Адриан, GAE - это платформа для развертывания веб-приложений и сервисов. Если ваша программа недоступна в виде веб-приложения или службы, мне интересно, какая выгода от использования облачного провайдера.