Я знаю, что этот вопрос немного стар, но на тот случай, если кто-то найдет его ..
Я считаю, что если вы хотите использовать Web.config Transformations (полезно, если вы хотите иметь разные настройки для разработки и выпуска), тогда вам нужно использовать веб-приложение.
Технически это, вероятно, является результатом тех же различий, что и в 2008 году, между проектом веб-сайта или проектом веб-приложения, но то, что это новая функция по сравнению с 2010 годом (по крайней мере, встроенная, я думаю, вы можете получить ее в против 2008 г. также ) это как минимум одно новое отличие от 2008 г. по сравнению с 2010 г., которое следует учитывать при выборе пути.