Есть две вещи, которые необходимо сделать, чтобы URL с параметром GET работал и имел доступ к поставляемому токену.
Сначала в system / application / config.php, измените:
$config['uri_protocol'] = "AUTO";
... до ...
$config['uri_protocol'] = "PATH_INFO";
Это позволит URL перенаправлять обычным способом. Как только это будет сделано, добавьте это в начало метода вашего контроллера:
parse_str($_SERVER['QUERY_STRING'],$_GET);
Это восстановит массив $ _GET, после чего вы можете использовать его для доступа к значению токена, если требуется:
$token = $this->input->get('token');
... и все готово!