Наиболее распространенная причина этого эффекта - открытые файлы, которые были удалены.
Ядро освобождает блоки диска удаленного файла, только если он не используется во время его удаления. В противном случае это будет отложено до закрытия файла или перезагрузки системы.
Обычный трюк в Unix-мире, гарантирующий отсутствие временных файлов, следующий:
Процесс создает и открывает временный файл
Сохраняя дескриптор открытого файла, процесс отменяет связь (т.е. удаляет) файл
Процесс читает и записывает в файл, как правило, используя дескриптор файла
Процесс закрывает файловый дескриптор, когда это сделано, и ядро освобождает пространство
Если процесс (или система) неожиданно завершается, временный файл уже удален и очистка не требуется.
В качестве бонуса удаление файла уменьшает шансы именования коллизий при создании временных файлов, а также обеспечивает дополнительный уровень незаметности над запущенными процессами - для всех, кроме пользователя root, т.е.
Такое поведение гарантирует, что процессам не нужно иметь дело с файлами, которые внезапно извлекаются из-под их ног, а также что процессам не нужно обращаться друг к другу, чтобы удалить файл. Это неожиданное поведение для тех, кто приходит из систем Windows, однако, поскольку там вам обычно не разрешается удалять используемый файл.
Команда lsof
при запуске от имени пользователя root покажет все открытые файлы и, в частности, будет указывать удаленные файлы, которые были удалены:
# lsof 2>/dev/null | grep deleted
bootlogd 2024 root 1w REG 9,3 58 917506 /tmp/init.0W2ARi (deleted)
bootlogd 2024 root 2w REG 9,3 58 917506 /tmp/init.0W2ARi (deleted)
Остановка и перезапуск виновных процессов или просто перезагрузка сервера должны решить эту проблему.
Удаленные файлы также могут оставаться открытыми ядром, если, например, это образ смонтированной файловой системы. В этом случае отключение файловой системы или перезагрузка сервера должны помочь.
В вашем случае, судя по размеру «пропущенного» пространства, я бы искал ссылки на файл, который вы использовали для настройки VPS, например. образ диска Centos DVD, который вы удалили после установки.