Если вы делаете это на Java, вы можете использовать BASE64Encoder и записать в новый закодированный файл:
import sun.misc.BASE64Encoder;
public static void main(String[] args) throws Exception {
File inputFile = new File(yourUnencodedFile);
File outputFile = new File(yourEncodedFile);
BASE64Encoder encoder = new BASE64Encoder();
encoder.encode(
new FileInputStream(inputFile),
new FileOutputStream(outputFile)
);
, а затем просто используйте закодированный выходной файл