Короче говоря, нет. Поскольку ваш код будет скомпилирован для машины gcc, пользователю нужно только перехватить Gcc в соответствующий момент и прочитать код.
Вы можете сделать это более трудным (но не невозможным) для перехвата, передавая код непосредственно в gcc из вашего приложения, и сделайте несколько проверок, чтобы убедиться, что это действительно gcc.
Вы также можете предварительно скомпилировать часть кода, который является общим для всех пользователей, в среду, и это означает, что вам не нужно распространять исходный код для этой части.