Я бы сначала изменил таблицу на InnoDB, так как она не заблокирует всю таблицу для ваших вставок и удалений. Помимо этого, индексы действительно собираются увеличить или уменьшить скорость этой таблицы.
Просмотрите запросы, которые вы делаете к таблице. Вы эффективно используете индексы для выбора и обновления данных? Кроме того, рассмотрим, какие из запросов являются более напряженными в таблице. Если вы пишете тяжелым шрифтом (что я предполагаю), вы можете удалить один или два индекса. Если вы читаете тяжело, возможно, добавьте еще.
Трудно сказать, не зная конкретной таблицы и обстоятельств. Кроме того, я обнаружил, что скорость записи увеличивается при использовании столбцов фиксированной длины (char, int, двоичные) вместо столбцов переменной длины (varchar, varbinary, Text)