Вы можете использовать этот оператор для обновления (замены) содержимого:
editor.execCommand('mceSetContent', false, html);
Или если вы хотите убедиться, что флаг сброса очищен:
editor.execCommand('mceSetContent', false, html);
editor.startContent = tinymce.trim(editor.getContent({ format: 'raw' }));
editor.isNotDirty = true;
editor.nodeChanged();