Когда Chrome уходит в фоновом режиме, он останавливает выполнение JavaScript. Я заметил это на чертежах, когда он свернут в Dock в OS X.
Насколько я знаю, обходного пути нет. Если вы сообщите нам, что вы пытаетесь сделать, возможно, вы сможете что-то сделать.