Проблемы, с которыми я столкнулся при решении этой проблемы, заключались в том, чтобы убедиться, что разделы объединены и никоим образом не перепутаны.
В конце концов, я использовал опцию options_description с известными / конечными опциями, а затем, используя parsed_options из parse_config_file, мне пришлось собрать все нераспознанные опции (collect_unrecognized). Затем мне пришлось повторить его, чтобы выбрать варианты по порядку.
Спасибо всем за их вклад.