Похоже, вам нужно настроить cronjobs для повторного запуска индексов. Конечно, в случае с ценами пользовательские индексы цен действительны только в течение определенного периода времени, тогда cronjob продлевает эти периоды, если правило цены каталога все еще активно.
Вот вики post о процессе настройки ваших cronjobs.
Обратите внимание, что сам cron может вызвать проблемы, поэтому, как предлагает Джозеф, убедитесь, что у вас есть настройка dev и промежуточная среда, которая отражает производство, чтобы вы могли проверить конфигурацию.