Сделайте так:
subprocess.call(['/etc/init.d/tomcat6', 'stop'])
или, если вам действительно нужно захватить стандартный вывод / ошибка
p = subprocess.Popen(['/etc/init.d/tomcat6', 'stop'],
stdout=subprocess.PIPE,
stderr=subprocess.PIPE)
stdout, stderr = p.communicate()