Если вам нужен только один сегмент пути вместо всего, используйте [^/]
вместо .
:
RewriteCond $1 !=index.php
RewriteRule ^([^/]*)$ /index.php/$1 [L]
И для вашего второго требования:
RewriteCond $1 !=index.php
RewriteRule ^([^/]*)/([^/]*)$ /index.php?controller=$1&method=$2 [L,QSA]
Здесь также следует рассмотреть возможность использования квантификатора +
(один или несколько) вместо *
(ноль или более).