Вы можете найти советы в источниках odfWeave пакета .
Если вы загрузите библиотеку и наберете odfWeave, вы получите не слишком длинный исходный код, который реализует архивирование и разархивирование также с помощью системных вызовов.
Из этих источников вы можете сделать что-то вроде:
filename = '' # set archive filename
loc = '' # set location, if not done before
setwd(loc)
zipCmd = paste("zip -r ", filename, " .", sep='')
system(zipCmd, invisible = TRUE)
Конечно, zip должен быть установлен.