Использование стандартного контейнера данных, такого как CSV, абсолютно уместно. Существует множество бесплатных библиотек кодирования Java CSV, и то же самое относится и к C.
Ваш Java-программист все еще может использовать собственные структуры данных Java, все, что ему нужно сделать, это закодировать его в CSV (или другие форматы, такие как XML) и отправить его вам.
С вашей стороны все, что вам нужно сделать, это прочитать этот контейнер данных, используя некоторую библиотеку CSV.