Вы можете переопределить API PayPal и изменить значение, отправляемое в PayPal, и вам, вероятно, придется переопределить другие методы, которые проверяют выплачиваемые суммы.
$ grep getBaseGran app/code/core/Mage/Paypal -rsn
app/code/core/Mage/Paypal/Model/Express/Checkout.php:180: $this->_quote->getBaseGrandTotal(),
app/code/core/Mage/Paypal/Model/Express/Checkout.php:246: $this->_api->setAmount($this->_quote->getBaseGrandTotal())
app/code/core/Mage/Paypal/Model/Express/Checkout.php:283: if (Mage::helper('paypal')->areCartLineItemsValid($items, $totals, $this->_quote->getBaseGrandTotal())) {
app/code/core/Mage/Paypal/Model/Standard.php:147: $grandTotal = $order->getBaseGrandTotal();