Это может быть проблемой, если ваш редактор не предупреждает вас, когда вы пытаетесь сохранить файл, если он был изменен в файловой системе, поскольку он был открыт, так как вы можете потерять работу в этом случае.
Существует также потенциальная проблема в Windows, так как редактор может заблокировать файл. Если это так, git не сможет обновить его, и коммутатор выйдет из строя, оставив рабочий каталог в неопределенном состоянии.
Помимо этих проблем (риск потери изменений, если у вас есть несохраненные изменения, риск сбоя, если ваш редактор блокирует файлы), нет проблем с использованием команды git, когда у вас есть файлы, открытые в вашем редакторе.