Вы можете использовать время или дата / время .
EDIT:
Теперь, когда я вижу тип данных, которые MySQL использует для времени , вы, вероятно, захотите сделать это поместить данные в nvarchar на стороне SQL Server, а в SSIS вы можете вызвать
TIME_FORMAT(timecol, '%H:%i:%S')
Инструмент SSIS позволяет вам задавать спецификации того, как управлять отдельными столбцами, прежде чем вставлять их в другую базу данных с помощью сценариев.