Я не уверен, что есть лучший способ. Если конфликт двух коммитов, вы должны указать git, как его разрешить.
Ваш вопрос говорит о том, что он немного больше этого. Похоже, вы сделали «фреймворк A с поддерживающим объектом B», а основная линия сделала «фреймворк C с поддерживающим объектом D», и вы хотите отказаться от C & D в пользу A & B. Это правильно?
Если это так, то вы все еще сталкиваетесь с той же проблемой: вам нужно решить, что сказать git. Если новый код вытеснил старый, то git не может знать, пока вы не скажете это.
В конечном итоге вам придется либо перебазировать, либо объединить, и оба будут иметь одинаковый набор конфликтов.