Это может зависеть от того, как сконфигурировано ваше имя субдомена, если я сомневаюсь, я бы перенаправил его вручную в .htaccess
RewriteRule ^subdomain.example.com$ /subdomain/index.php [L]
Проверьте это, хотя, как я написал это с моей головы! ;) Это должно идти в htacess
в корне папки, то есть в вашем public_html
или аналогичном.