Если файлы находятся в вашем локальном коммите, то они должны отображаться на Github.
Загрузите gitk (просто введите gitk из командной строки Git bash); и проверьте, действительно ли все файлы в папке были добавлены в коммит, который вы отправили на Github.
Если бы их не было, добавьте мерзавца. похоже, не работает, проверьте, что ваш .gitignore по какой-то причине не исключает их.