Все зависит от функций, которые потребуется вашему приложению.
Если у вас будет несколько функций, которые редактируют, несколько функций, которые удаляются, и несколько функций, которые обновляются, все функции имеют отдельные потребности и требования (таким образом, не могут быть объединены в одну универсальную функцию), тогда отдельные файлы для каждой функции (edit_ajax) .php, update_ajax.php и т. д.) было бы проще всего в долгосрочной перспективе.
Или эти Ajax-вызовы - лишь некоторые из тех, которые вам понадобятся при работе с Ajax? В этом случае может быть лучше сгруппировать их по функциям домена, что они и обрабатывают (student_ajax.php, если эти вызовы Ajax включают обновление, удаление и редактирование студентов, например).
Кроме того, убедитесь, что ваши вызовы функций разделены озабоченностью, если ваша прикладная архитектура поддерживает это. Если эти вызовы просто отправляют данные в PHP для обновления вашей базы данных, храните их в отдельном файле от вызовов Ajax, которые просто передают параметры для загрузки определенного набора HTML на страницу.
В конечном счете, ваш выбор сильно зависит от архитектуры вашего приложения и стиля дизайна, что может показаться более очевидным, чем необходимо, но, тем не менее, очень верным.