Ваш вопрос был очень интересным, поэтому я поигрался с предоставленным вами кодом, но я боюсь, что то, что вы пытаетесь сделать, невозможно.
Первое, что я обнаружил, это то, что вы правы в том, что fileObj отличается от файла, который поступает из компонента входного файла в событии onchange, и это наиболее вероятная причина сбоя. Пока я играл с вашим кодом, я пытался эмулировать свойства file с простым javascript-объектом, но это тоже не работает (FF падает таким же образом).
Во-вторых, uploadify использует flash (сценарий действия) для фактической загрузки файлов. Вы можете заметить сходство событий между событиями uploadify и событиями класса Filereference . Таким образом, этот ввод файла, который вы имеете в начале, вообще не используется во время процесса загрузки файла (мне кажется, что он используется только для того, чтобы определить, куда поместить Flash-объект, используемый для загрузки). Это можно проверить, проверив свойство files в объекте входного файла, например, при событии onselect для uploadify или событии onopen (в обоих случаях файлы представляют собой массив размером 0).
Надеюсь, это поможет!